Setelah terlaksananya pembelajaran tatap muka terbatas kelas 5 & 6, SD Islam Hidayatullah melakukan pembelajaran tatap muka terbatas untuk kelas 3 dan 4, dimulai hari Senin, 27 September 2021.
Persiapan yang dilakukan SD Islam Hidayatullah sebelum memulai PTM terbatas antara lain melakukan pengadaan alat protokol kesehatan, mempersiapkan ruang belajar dengan penataan ruang kelas, mempersiapkan sarana fisik sekolah seperti sanitasi dan kebersihan sekolah.